2019年8月3日，由广东省基层医药学会细胞病理与分子诊断专委会和中山大学孙逸仙纪念医院共同举办的2019逸仙NGS基因检测与数据解读培训班顺利进行。会议由欧阳能太教授主持，主要为我们介绍了NGS，他以机场安检类比NGS的方法和原理，提到基因测序的原因。我们知道很多临床疾病的精准诊疗与NGS紧密相关，而NGS的仪器、建库技术、生信解读都非常复杂。本次培训班我们为大家准备了系统、全面的经验分享。

基因的基本结构与DNA的合成

讲者：付莎

付莎博士为我们带来的基本结构与DNA的基本合成，她从分子生物学和遗传学角度描述了基因的定义，分享了基因、核酸和DNA之间的关系，并带领我们了解了基因的类别、功能和基本结构以及结合相关动画生动详细地讲述了DNA体内复制的过程。最后她提出了有关末端复制问题的讨论，讲述了端粒的概念、生物学作用以及端粒酶的爬行模型。

肿瘤组织样本与DNA质量控制

讲者：王厥

王厥医生分享了肿瘤组织样本与DNA质量控制的相关内容，她强调病理诊断、评估和切片是肿瘤基因检测的基础和关键环节。并从多个具体案例出发，为我们讲述了病理标本质控、肿瘤细胞量质控、肿瘤占比的质控的相关内容和重要性。她提到肿瘤细胞占比太低直接测序会影响突变丰度，通过镜下评估标记出肿瘤细胞区域，提高占比，能提高报告的准确性，而脱离病理评估的基因检测时不可靠的。

讲者：李晓娟

李晓娟博士以DNA聚合酶的发现、功能与基础结构为基础，进一步提到了沃森等人提出的DNA聚合酶的右手模型(域结构)，其将DNA聚合酶分为手指域、拇指域与手掌域，李晓娟博士重点介绍了拇指域和手指域的功能与作用方式，包括促进催化反应与剪辑的正确配对(手指域)，维持引物以及活性部位的正确位置以及DNA聚合酶与其底物之间的紧密链接(拇指域)，两者共同影响决定了DNA聚合酶的不同功能。接下来她分享了DNA聚合酶的校正功能与机制，PCR的基本原理与在PCR技术逐渐成熟的过程中，DNA聚合酶的发展过程与目前的应用现状。

NGS建库流程、质控及测序原理

讲者：蒋圆玲

蒋圆玲老师以靶向测序的基本概念出发，首先分享了多重PCR建库法(扩增子建库法)与杂交捕获法的基本原理，技术特点以及两者的所建文库的特点，并介绍了目前常用的文库质控中文库浓度与文库片段常用的质控方法。接着蒋圆玲老师详细的讲解了Illumina平台“利用可逆阻断荧光标记的dNTP，边合成边测序”的测序原理，以及文库制备，Cluster簇生成，测序与数据分析以上测序流程。其中重点介绍了，Flowcell芯片中通过桥式PCR进行的Cluster簇生成的原理。

NGS数据分析及质控

讲者：李晓娟

李晓娟博士给我们分享了NGS数据的生物信息分析与临床验证流程。生物信息分析是一个结合了计算机科学、信息工程、生物学、数学和统计学的跨学科领域，简历完整的分析流程对分析临床DNA样本的变异，保证临床数据分析的稳定性、敏感性和特异性具有重要作用。李博士强调生信分析的重点在于数据分析过程中对于碱基识别、序列比对、变异识别、变异注释的质量控制。

HGVS命名法及计算机预测软件的临床应用

讲者：廖健伟

廖健伟博士首先简单介绍了基因变异类型的命名对象，以及命名方式。接着详细讲解了HGVS(人类基因组变异协会)命名法。通过实例介绍了命名的组成，变异及其位置的描述以及不同变异类型造成的影响。最后他讲到计算机软件预测变异对蛋白质功能、剪切位点的影响，并简单介绍了错义变异预测与剪接位点变异预测的多个软件及其应用。在变异的临床解读中，计算机预测软件分析的结果在至少3个预测软件认为该变异为有害变异时，可作为PP3支持性证据。

人群数据库与参考基因组数据库的临床应用

讲者：蒋圆玲

蒋圆玲老师介绍了参考基因组数据库与人群数据库的临床应用。人类参考基因组是统一组装的人类基因组的核苷酸序列集，是进行基因组学、转录组学和表观组学研究的先决条件。随着人类基因组序列和注释不断完善，参考基因组的序列也经常更新，所以存在不同的版本。其中Ensemble、NCBI、UCSC这三个是常用的参考基因组数据库。而人群数据库是基于大样本人群的数据库，可提供基因多态性、人群等位基因频率等信息，可用来查看大规模人群中变异的发生频率信息，借此判断变异是否为SNP。蒋圆玲医生详细介绍了1000 genomes、ExAC、gnomeAD三个常用的人群数据库的具体使用方法。

药物遗传学与药物基因组学数据库的临床应用

讲者：萧晓琴

萧晓琴老师给大家带来的是药物遗传学与药物基因组学数据库如PharmGKB、OncoKB、Civic等的简介。萧晓琴医生从数据库建立目的、依托单位、数据来源、涉及领域、注释评分系统、目录收录情况等方面介绍数据库的基本概况，并举例说明各个数据库的使用，包括如何查询药物的治疗靶点、检测到基因变异如何查找相关靶向药及证据等。

疾病数据库的临床应用

讲者：彭小芳

彭小芳老师分别介绍了omim，Clinvar，DECIPHER和ClinGen四个常用疾病数据库。分别提到数据库应用、检索以及结果解读与数据下载。omim数据库侧重于疾病和基因相关信息，提供较为全面的疾病临床表型谱。从而临床工作者可根据表型信息为其诊断的疾病提供依据。Clinvar则提供了一个相对可靠的，与临床表型相关的突变位点数据库，也是ACMG基因数据解读guide line推荐使用的可靠数据库。DECIPHER包含超过250家研究中心上传的超过28000万例案例，堪称世界上最为权威和丰富的罕见病知识库。ClinGen数据库主要关注基因-疾病、变异-疾病和变异-临床干预三方面的问题，是患者、临床医生、实验室和研究人员共享的数据平台。

胚系变异与体细胞变异的临床解读

讲者：廖健伟

廖健伟博士从胚系和体细胞的检测和肿瘤基因检测及注释两方面进行展开。以BRCA为例，介绍了数据分析、变异注释、数据质控、变异致病性分类。ACMG指南中，变异致病性评级分为5类，(5-致病，4-可能致病，3-意义未名，2-可能良性，1-良性)，并且每个分类都有对应的依据以及临床指导意义。肿瘤基因检测前，病理评估判断肿瘤细胞量以及来源，为基因检测提供方向。体细胞变异分类指南按对诊疗及预后的临床意义分为4类(TierⅠ-TierⅣ)，每一类的判别有相应的依据(A-D级)。接着廖健伟博士分享了基因检测在临床引用中对靶向用药的指导意义。

本次培训班参加人数达156人，现场座无虚席，在培训过程中，针对相关内容各位同道在现场展开学术交流与探讨。

最后欧阳能太教授总结道，NGS是较为前沿的技术，我们仍然在摸索前进中，有许多未知领域有待大家的积极探索。希望通过今天心得与经验的分享，与同道共同学习进步。